国际货运代理企业备案表的修改流程如下：1. 首先，检查修改内容是否符合相关规定，确认修改是否必要。
2. 准备需要修改的材料和材料新版备案登记表等。
3. 打印新版备案登记表，并加盖公司印章和法定代表人签字。
4. 将原备案登记表一起提交有关部门，提交时应附上修改原因的说明。
5. 经有关部门审核，如符合规定，将在有关部门进行审核更改后，将修改后的登记表再次加盖印章，并将修改后的登记表交给企业。
需要注意的是，企业在修改备案表时必须遵守相关规定修改内容不存在任何违规行为备案表的准确性和真实性。
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